COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 38.852583 38.852583 30.907208
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 30.629282
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 30.112052
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 29.526131
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 29.035478
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 28.599655
2020-12-27 17:00:00 36.001939 36.001939 28.077254

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 20.760584
2021-01-01 17:00:00 40.877368 4.685942 21.579036
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 21.418115
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 21.851584
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 21.558925
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 21.420449
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 21.176651

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 25.573773
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 25.028226
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 24.379143
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 23.232287
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 21.902802
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 20.997179
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 20.210130

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 12.991265
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 12.891617
2020-12-31 17:00:00 13.333333 13.333333 12.844931
2020-12-30 17:00:00 14.573191 7.919507 12.484067
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 12.385426
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 12.407989
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 12.337994

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 15.317348
2021-01-01 17:00:00 10.591900 25.901368 14.499372
2020-12-31 17:00:00 10.889216 10.889216 13.653231
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 13.821607
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 14.226734
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 13.905542
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 13.235295

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 40.771572
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 40.400805
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 39.606413
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 38.245447
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 37.116390
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 36.745333
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.763592 36.353178

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 40.587187
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 40.259244
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 39.277140
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 38.617281
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 37.617280
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 36.881460
2020-12-27 17:00:00 39.669421 39.669421 36.238372

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 26.471877
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 26.142305
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 25.796102
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 25.095405
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 24.799419
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 24.522818
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 24.084452

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 35.117058
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 34.412375
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 33.381458
2020-12-30 17:00:00 21.249360 41.961577 32.094416
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 30.443234
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 28.843870
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 27.923287

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.399849
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.702821
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 29.780512
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 28.693830
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 27.547251
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 25.920115
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 24.968248

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 18.834013
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 18.659545
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 17.904362
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 17.200199
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 16.632784
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 16.244355
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 15.646356

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 6.749007
2021-01-01 17:00:00 11.751663 3.104213 7.235412
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 8.098318
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 8.061090
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 8.217059
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 8.877186
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 9.110521

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 37.223058
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 36.811563
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 35.451145
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 34.053012
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 32.938184
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 32.054621
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 31.885177

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 93.548387 93.548387 48.771207
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 49.114156
2020-12-31 17:00:00 81.841432 42.071611 49.978275
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 48.040645
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 47.757697
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 46.538364
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 46.392900

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 36.887840
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 36.792170
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 36.024403
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 35.345862
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 34.169087
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 33.359427
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 32.937133

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 33.440542
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 34.052477
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 34.015182
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 32.818107
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 31.966558
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 31.602399
2020-12-27 17:00:00 14.313472 14.313472 31.372212

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 10.591401
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 10.624937
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 10.418297
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 10.081602
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 9.844473
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.879379
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.747924

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 23.189429
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 22.725369
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 22.273184
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 21.666118
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 21.166859
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 20.692250
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 20.211815

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 16.800476
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 16.591211
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 16.377875
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 15.858675
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 15.427097
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 15.396229
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 15.068436

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 20.576199
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 20.285332
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 19.425410
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 18.665359
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 17.655504
2020-12-28 17:00:00 30.877193 9.034908 17.224713
2020-12-27 17:00:00 10.778443 3.906674 16.614951

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 2.167183 6.422018 15.183114
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 15.935313
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 17.155525
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 17.108448
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 17.756533
2020-12-28 17:00:00 89.705882 25.000000 17.839225
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 18.568579

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 80.459832
2021-01-01 17:00:00 77.738230 77.270508 82.322139
2020-12-31 17:00:00 75.011721 116.717325 80.564892
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 79.077374
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 77.698532
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 76.794197
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 76.522751

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 24.468085 24.468085 20.760584
Basilicata 39.000000 39.000000 25.573773
Calabria 20.348837 20.348837 12.991265
Campania 19.959267 19.959267 15.317348
Emilia-Romagna 77.112543 77.112543 40.771572
Friuli Venezia Giulia 46.262887 46.262887 40.587187
Lazio 31.843157 31.843157 26.471877
Liguria 49.271845 49.271845 35.117058
Lombardia 33.524629 33.524629 31.399849
Marche 20.070423 20.070423 18.834013
Molise 11.170213 11.170213 6.749007
P.A. Bolzano 36.595745 36.595745 37.223058
P.A. Trento 93.548387 93.548387 48.771207
Piemonte 43.127490 43.127490 36.887840
Puglia 17.400101 17.400101 33.440542
Sardegna 15.632754 15.632754 10.591401
Sicilia 24.026187 24.026187 23.189429
Toscana 25.369333 25.369333 16.800476
Umbria 51.546392 51.546392 20.576199
Valle d'Aosta 2.167183 6.422018 15.183114
Veneto 82.745098 82.745098 80.459832

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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